首個(gè)對(duì)葉榕完整基因組發(fā)布 為榕屬植物性別演化提供重要資源
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光明日?qǐng)?bào)北京4月9日電(記者楊舒)對(duì)葉榕是一種廣泛分布于我國(guó)南方的植物。近日,中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所農(nóng)業(yè)基因組學(xué)技術(shù)研發(fā)與應(yīng)用創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)發(fā)布首個(gè)對(duì)葉榕的完整基因組,修正了此前學(xué)界對(duì)其基因組測(cè)序繪制中存在的大量間隙和組裝錯(cuò)誤,大幅提升了對(duì)葉榕基因組的連續(xù)性、完整性和準(zhǔn)確性,為榕屬植物性別演化提供了重要資源。
據(jù)介紹,榕樹是??崎艑?00多種植物的統(tǒng)稱,廣泛分布于熱帶和亞熱帶地區(qū)。榕屬植物包含6個(gè)亞屬,一半雌雄同株(單棵榕樹上包含正常的雌花和雄花),一半功能性雌雄異株(雌榕樹僅含有雌花,雄榕樹包含雄花和短花柱雌花)。其中,對(duì)葉榕是聚果榕亞屬比較古老的雌雄異株植物,具有明顯的性別分化。從生物學(xué)角度看,解析對(duì)葉榕的基因組對(duì)研究榕屬植物性別分化及相關(guān)生物學(xué)性狀和基因功能至關(guān)重要,然而,此前對(duì)葉榕基因組存在大量的信息缺失和組裝錯(cuò)誤,阻礙了進(jìn)一步的研究。
在國(guó)家自然科學(xué)基金等項(xiàng)目的支持下,科研團(tuán)隊(duì)綜合利用多種測(cè)序技術(shù),在原有基因組基礎(chǔ)上重新組裝、完善,發(fā)布了首個(gè)對(duì)葉榕所有染色體端粒到端粒完整無(wú)間隙的基因組。該基因組大小371.8兆,所有序列均掛載到14條染色體上,成功注釋了26642個(gè)編碼蛋白基因,經(jīng)評(píng)估,基因組的完整度、連續(xù)性和準(zhǔn)確性均得到了大幅提升。
另?yè)?jù)了解,科研團(tuán)隊(duì)還進(jìn)一步組裝榕屬植物首個(gè)完整的性別決定區(qū)域,鑒定榕樹的性別決定基因,并構(gòu)建對(duì)葉榕雄性和雌性花不同發(fā)育時(shí)期的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò),從而發(fā)現(xiàn)雄花發(fā)育的關(guān)鍵基因。
《光明日?qǐng)?bào)》(2024年04月10日 08版)
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